Fakultas Pertanian saat itu masih dibawah Yayasan Universitas Tawang Alun (UNITA) dan berganti menjadi Universitas Negeri atas jasa Panitia Triumviraat yang dipelopori oleh dr. R. Achmad, R. Th. Soengedi, dan R. M. Soerachman. Pada tahun 1962, Fakultas Pertanian yang sudah berstatus negeri masih berada dalam naungan Universitas Airlangga dan selanjutnya pada tahun 1963 menjadi bagian dari Fakultas Pertanian Universitas Brawidjaya. Saat itu UNITA masih berjuang untuk menjadi negeri, namun karena kebijakan yang baru sebagai akibat dari pergantian Kementrian PIP, maka status negeri UNITA harus ditunda. Sebagai konsekuensinya, Fakultas Pertanian harus berintegrasi dengan Universitas Brawidjaya menjadi Universitas Brawidjaya Jember agar menjadi Universitas Negeri.
Pada tahun 1964 terbitlah Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan No. 151 tahun 1964, tanggal 9 November 1964 tentang perubahan status Fakultas Pertanian yang menjadi salah satu fakultas di lingkungan Universitas Negeri Djember. Universitas Negeri Djember (UNED) pada tahun 1964 yang saat itu juga menaungi 4 fakultas yang lain, Fakultas Hukum, Fakultas Sosial dan Politik, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Sastra. Hingga nama UNED mengikuti Ejaan Yang Disempurnakan (EYD) menjadi Universitas Jember, sehingga Fakultas Pertanian terus berkembang. Pada 1997 Fakultas Pertanian mengelola 5 jurusan yaitu Budidaya Pertanian (BP), Sosial Ekonomi Pertanian (Sosek), Tanah, Teknologi Pertanian (TP), serta Hama dan Penyakit Tumbuhan (HPT). Namun pada tanggal 22 Agustus 1997 Teknologi Pertanian berubah menjdi Fakultas Teknologi Pertanian berdasarkan Kepmendikbud No. 205/O/1997, sementara Program studi Agronomi berada di bawah Jurusan Budidaya Pertanian.
Fakultas Pertanian menyelenggarakan program S1 Beasiswa Unggulan (BU) dengan konsentrasi Agroindustri Kopi dan Kakao yang merupakan minat dari program studi Agronomi (Nota kesepahaman antara Sekjen Depdiknas dengan No. 42464/A/A.7/PKLN/2006 dan No. 6729/ J25/PP.9/ 2006 tanggal 1 September 2006, dan Kontrak kerja sama Pelaksanaan program S1 Beasiswa Unggulan Program Studi Agronomi Konsentrasi Agroindustri Kopi dan Kakao No. 55.000/A2.5/LN/2007 tanggal 18 Nopember 2007). Hasil pengelolaan PS Agronomi (regular) dan PS Agronomi (BU) dinilai baik dan berhasil, sehingga pada tahun 2009 PS. Agronomi menerima Penghargaan dari Rektor sebagai Program Studi Terbaik di lingkungan Universitas Jember.
Penerbitan SK Dirjen Dikti No. 163/DIKTI/KEP/2007 tanggal 29 Nopember 2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi, maka semua perguruan tinggi (kecuali UGM dan IPB) yang mempunyai Fakultas Pertanian hanya dapat menyelenggarakan atau mengelola dua program studi yaitu Agroteknologi dan Agribisnis. Namun, Program studi yang tidak diperkenankan diselenggarakan mendapat peluang untuk diaktifkan kembali melalui Surat Direktur Pembelajaran dan Kemahasiswaan Ditjen Dikti Kemendikbud Nomor: 0404/E3.2/2015 tanggal 2 Pebruari 2015.
Usulan pengaktifan kembali PS. Agronomi juga telah mendapatkan rekomendasi dari Senat melalui Surat Nomor: 2400/UN25/KL/2015 tanggal 26 Pebruari 2015. Tahun 2016, Direktur Direktorat Jenderal Kelembagaan Ilmu Pengetahuan Teknologi dan Pendidikan Tinggi KEMENRISTEKDIKTI mengeluarkan Surat Nomor 1104/C/KL/2015 tanggal 21 Desember 2015 tentang Pengumuman Pembukaan Program Studi pada Perguruan Tinggi Negeri Tahun 2016, maka PS Agronomi diusulkan kembali sebagai program studi baru dan telah mendapatkan Rekomendasi dari Senat melalui Surat Nomor: 75/UN25/KL/2016 tanggal 5 Januari 2016.
MASUK PTN
